Toutes les associations membres de la Fnars sont concernées par la prostitution : celles spécialisées dans l'accueil et l'accompagnement de personnes prostituées, mais aussi les autres, toutes susceptibles d'accueillir et d'accompagner des personnes dans cette situation.
Un débat d’orientations fédérales sur le thème de la prostitution a été mené en 2004, à l’appui des travaux et réflexions de la commission Prostitution, en lien avec les commissions Egalité-parité et Justice.

En 2006 la FNARS a lancé ses Etats Généraux en donnant la parole aux acteurs de terrain (travailleurs sociaux, administrateurs, directeurs, bénévoles, usagers...) afin de dresser un état des lieux de l'exclusion. La problématique du phénomène prostitutionnel a été abordée dans ce travail.